Die Organe des Internationalen Katholischen Missionswerks missio sind die Mitgliederversammlung, der Verwaltungsrat und der Vorstand.
Leitung und Aufsicht der Arbeit von missio sind in den Organen des Vorstands und des Verwaltungsrats eindeutig getrennt. Der von der Mitgliederversammlung gewählte, ehrenamtlich tätige Verwaltungsrat kontrolliert und überwacht die Arbeit des Vorstands. Der Vorstand legt dem Verwaltungsrat einen jährlichen Haushaltsplan und -abschluss vor, in dem die Budgets für alle Abteilungen des Hauses definiert sind. Investitionen von mehr als 50.000 Euro müssen durch den Verwaltungsrat genehmigt werden. Als interne Kontrollinstanz überprüft die Innenrevision das finanzielle Gebaren von missio und berichtet direkt an den Vorstand.
Oberstes Organ des missio e.V. ist die Mitgliederversammlung. Ihr gehören der Nationaldirektor und die von den Ortsordinarien ernannten Diözesandirektor/-innen der Päpstlichen Missionswerke der nichtbayerischen Diözesen von Amts wegen an.